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神秘的文件夹的主要功能可以用来创建四种特殊类型的文件夹，分别是：不可删除的文件夹、不可见的文件夹、带点的文件夹、空格文件夹。这四种文件夹用常规方法都是无法创建的，只有用DOS命令，或者用本“神秘的文件夹”软件才可以创建。
不可删除的文件夹：可以打开，但不能删除。可用于重要数据防删除。
空格文件夹：文件夹名称为空格，如果把图标设置成透明的，则可以达到隐藏的效果。
带点文件夹：不能打开、删除。可用于简单的文件加密。
不可见的文件夹：不管用什么方法都看不到这个文件夹。一键GHOST用的就是这种文件夹。
